元熙二年六月誰廢晉恭帝
自晉朝中興以來，朝廷綱紀混亂鬆弛，權貴門互相兼併，百姓流離失所，桓玄很想改變這種情況，結果沒能實行。劉裕做了輔佐大臣之後，大力宣傳規章制度，豪強謹慎規矩遠近遵紀守法。到現在，會稽餘姚的虞亮又隱藏了逃亡人員一千多人劉裕殺死了虞亮，罷免了會稽內史司馬休之。
晉安帝改授他為太尉，中書監，奉送了黃鉞。以前，各州所送的秀才、孝廉大多名不符實，劉裕於是上表申明從前的規定，對他們進行測試。
義熙八年，因荊州刺史劉道軌患病，要求回鄉。改授豫州刺史劉毅為荊州刺史。劉毅一向具有雄才大志，與劉裕一起興復晉朝，自認為實力足以與劉裕互相抗衡，雖然暫且推舉劉裕，心中卻不服氣。他常自做自誇，朝士中素有威望者多去歸附於他，他與尚書僕射謝混、丹陽尹郗僧施都結交很深。等他去鎮守江陵，豫州舊府的許多人都辭職去跟隨他，他奏請讓郗僧施任南蠻校尉。
劉裕知劉毅終究是一個異端人物，心裡密謀於它他。劉毅到了西部，言稱病重，上表請求讓堂弟兗州刺史劉藩作為副手，劉裕假裝答應了他。
九月，劉藩入朝，劉裕立即命令逮捕劉藩和謝混，一併賜死。 自己上表請求討伐劉毅，又借拿黃鉞，率領各路軍隊西征。任命前鎮軍將軍司馬休之為平西將軍、任命太尉司馬丹陽尹劉穆之為建威將軍，給他配備實際兵力。十五日，從建鄴出發，派遣參軍王鎮惡、龍襄將軍蒯恩襲擊江陵，將城攻破，劉毅及其黨羽全部被殺。
十一月，劉裕到了江陵，分出荊州的十個郡為湘州，劉裕仍舊前往督察。任命西陽太守朱齡石為益州制史，讓他討伐蜀地，晉安帝晉升劉裕為大博、揚州牧。
起初。諸葛長人驕橫貪淫。劉裕常常寬容他。處死劉毅之後，諸葛長人對他的親信說“從前剁死彭越，今年殺死韓信，災禍就要到了。於是準備陰謀作亂。劉裕到達都城，卻常常停留不進。公卿以下，連日在新亭等候，諸葛長人也忽然出現
而此時劉裕乘坐一隻輕快小船秘密到達，已經回到了東府了。諸葛長人到了府門被叫到面前， 劉裕擯退旁人與他說起閒話， 凡是平生所沒有說盡的話，都和他說到了，諸葛長人非常高興。正當諸葛長人開心之時，劉裕秘令身邊武士丁日午從布幔後出來，從座位上把他拉開，將他殺死在床邊。用車子拉著他的屍體交給廷尉，並且處死了他的弟弟諸葛黎人。
義熙九年七月，朱齡石平定了蜀地，斬了譙縱，將他的人頭送到建鄴。九月，晉安帝因為劉裕平齊國、定盧循的功勞，封劉裕的次子劉義真為桂陽縣公，並且重申以前的任命，授給劉裕太傅、揚州牧的職務，配備葆羽、樂隊，儀仗二十人。
義熙十年，精簡勞役，人民得到休息，建築東府城，修建府衙房舍。劉裕看到荊州刺史司馬休之宗室繁盛，又很得長江、漢水一帶人心，懷疑他存有異志，而司馬休之的兒子司馬文思住在京城，聚攬俠客，劉裕命人將他抓住送交給司馬休之，讓他自己去處理。司馬休之上表請求廢除司馬文思的爵位，並且給劉裕寫信致謝。
義熙十一年正月，劉裕抓捕了馬休之的兒子司馬文寶、他哥哥的兒子司馬文祖，一併賜命自殺。 劉裕領大軍西出討伐。重新借掌黃鉞兼任荊州刺史。司馬休之上表以示清白並列舉劉裕罪狀。
劉裕率軍渡過長江，司馬休之的軍隊潰敗，與魯軌等人逃奔襄陽，江陵平定。劉裕兼任南蠻校尉。
四月，大軍挺進襄陽，司馬休之等人逃奔姚興。晉安帝重申先前的命令，授職武帝擔任太傅、揚州牧，可以帶劍穿履朝見皇帝，人朝不須趨步，贊拜不須報名，加贈前部羽葆、樂隊，設定左右長史、司馬從事中郎四人，封劉裕第三子子劉義隆為北彭城縣公。八月十三日，劉裕從江陵返回，奉還黃鉞，堅決推辭太傅、州牧、前部羽葆、樂隊，其餘的接受了任命。
義熙十二年正月，晉安帝詔令劉裕依舊徵招士人，兼任平北將軍，兗州刺史，加上督率南秦，共二十二州。武帝因為平北府中文武人才缺乏，不適合另外設定，於是裁撤了平北府，把它併入大府。三月，任命劉裕為中外大都督。
起初，劉裕掃平了齊國人侵，仍有平定關中，洛陽的意思，但遇上盧循侵襲逼迫，所以放下了這事。等到荊州。雍州平定，於是開始謀劃外部策略。正趕上姚興死去，他的兒子姚泓剛剛繼任，兄弟互相承戮，關中混亂。
四月十八日，劉裕上表討伐關中。洛陽，朝廷命他兼任徵西將軍、司豫二州刺史。任命他的世子為徐、兗二州刺史。劉裕希望以自己的聲望懷柔遠方，接受了琅邪王的封號北伐。
八月十二日，率領大軍進發，九月，劉裕到了彭城，加職兼任北徐州刺史。十月，各軍到達洛陽，包圍了金墉，迫使他們投降。修復了晉朝皇家的五陵，設定了守衛。
十二月二十九日，晉安帝加任劉裕為相國、總百揆、揚州牧，封賞十郡為宋公，具備九錫之禮，賜給玉璽、遠遊冠、綠綬帶，地位在諸侯王之上。
十三年正月，劉裕利用船隊前往討伐，留下劉義隆鎮守彭城。軍隊駐紮在陳留城，經過張良廟，下令要定時維修裝飾廟宇和條奠。 二月，冠軍將軍檀道濟等人的軍隊駐紮在潼關。三月，劉裕率大軍進入黃河。五月，劉裕到達洛陽，七月，到達陝州。龍驤將軍王鎮惡的水軍從黃河進人渭河。八月，扶風太守沈田子在藍田大破姚泓的軍隊。關中平定。
九月，劉裕到達長安。長安豐收，國庫積滿，劉裕首先收集了他們的彝器、渾天儀、土圭、記裡鼓、指南車以及秦始皇玉璽送到京城，其餘珍寶珠玉，全都分別賞賜給將帥。把姚家宗族遷徙到江南，押送姚泓到建康，在街市上將他斬首。劉裕拜謁了漢朝的長陵，在未央殿大會文武官員。
十二月、晉安帝逝世，大司馬琅笽王登上皇帝位。
元熙元年正月，晉恭帝下詔徵劉裕入朝輔政。把他的爵位由公晉升為王。
元熙二年六月初九，晉恭帝禪讓帝位給宋王劉裕。有關部門把詔書的草稿寫成後，請恭帝把它書寫下來，天子隨即便拿起筆來，對身邊的人說“ 桓玄的時候，天命已經改換，重又被宋公接續下來，將近二十年。今天的事情，本是我心甘情願的。
六月十四日，劉裕即位於南郊，東晉滅亡。改國號為“宋”，改元永初，宣佈大赦。
永初三年五月二十一日，劉裕在西殿去世。群臣上諡號為武皇帝，廟號高祖。
宋武帝劉裕清心寡慾生活簡樸，慾望很少。風格嚴整。具有法度。不喜珠玉車馬這些物品，後庭也沒有紈綺絲竹各種音樂。起初。朝廷沒有設定樂隊，長史殷仲文因此建言朝廷當設樂隊，武帝說“每天忙都忙不過來， 而且也聽不懂啊。
殷仲文說“經常聽自然就懂了。
武帝說“正因為懂了。就會愛好它，所以才不去熟悉它。
寧州曾經貢獻琥珀枕。光色十分美麗。價值百金。當時將要北伐。因為琥珀可以治療槍傷。武帝非常高興，命令砸碎分別送給各位將軍。
平定關中後，得了姚興的侄女。十分寵愛，因此荒廢了軍政大事，謝晦勸諫，馬上就將她送了出去。
武帝平時有一種熱病，並且患有槍傷。晚年尤其厲害，坐臥常常需要冷東西，後來有人獻了一張石床，睡上。感覺極好，於是嘆息說“ 木床尚且很費錢。何況是石床呢。就讓人把它給毀了。
武帝下令各公主出嫁，陪送不超過二十萬，沒有錦繡金玉。朝內外的人供給宮中費用，無不節約儉省。