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如何製作PCR引物

作者:由 範德範兒 發表于 成語日期:2022-12-02

pcr技術的引物有幾種

為了擴增基因組中的特定DNA片段,該特定DNA片段的兩側應同時具有正向和反向引物。因此,兩種引物都應該與DNA片段兩側的序列互補。成功設計PCR引物的基本指南如下所述。

正向和反向引物的方向應為 5‘ 至 3’。

每個引物的長度應在18至25個核苷酸之間。

引物的GC含量在40%至60%之間,引物3‘末端存在C或G可以促進結合。

引物對的熔解溫度和Tm(引物的一半退火到模板的溫度)應相似且高於60°C。 最大差值應為5°C。

引物的3’末端應與模板DNA完全匹配。

引物3‘末端的最後5個鹼基中應至少存在2G或C鹼基(GC鉗)。GC鉗促進與靶序列的強結合。

可以將具有5-6個核苷酸的限制性內切位點新增到引物的5’末端。

在引物序列中應避免二核苷酸重複(ATATATAT)或同一核苷酸重複超過4次(ACCCC)。這會導致誤引。

應避免引物內同源性或引物的二級結構。應避免正向和反向引物中的引物間同源性或互補序列。這兩種情況都可能形成自二聚體或引物二聚體。

二聚體分析的ΔG值應在0至-9 kcal/mole之間。

許多線上工具可用於簡化引物設計,例如引物3,引物X,NetPrimer,DNAstrar等。所設計引物的特異性可以透過NCBI引物BLAST或UCSC計算機PCR等工具確定。

如何製作PCR引物

圖 1:引物 3 介面