誰把東晉給滅了
桓玄雖與殷仲堪、楊佺期在尋陽築壇為盟，抵制朝命，但只是各懷鬼胎、互相利用而已，並非真正聯合。各自歸鎮後，桓玄時時想除去殷仲堪、楊佺期，擴大自己的勢力，打下成就霸業的根基。
功高必危，兔死狗烹
北府兵是謝玄鎮守廣陵（今江蘇揚州）時，招募徐、兗二州驍勇組成的。這支軍隊的戰鬥力極強，淝水之戰就是以這支軍隊為主力，擊敗了前秦軍。以後，北府兵在劉牢之的率領下東征西戰，無往而不勝。
劉牢之一直對司馬元顯的所作所為不滿，雖為前鋒，卻不肯效力
。他想讓桓玄除去司馬元顯，自己再將桓玄除去。
桓玄見有機可乘，派人暗中去見劉牢之，說：“自古以來功高必危，兔死狗烹。侍奉明主尚且如此，何況受制於司馬元顯這樣的小人。將軍與桓公本無嫌隙，何必使北府兵受創，鬥得兩敗俱傷，讓司馬元顯坐收漁利？將軍不如改換門庭，長保北府兵。”
劉牢之給來人說動了心，沉吟了半晌，終於答應倒戈，與桓玄共進退。
劉牢之與桓玄共進退
部將劉裕、外甥何無忌聞知此事，一再勸諫，劉牢之終不肯聽。他派兒子劉敬宣去見桓玄，送上降書。
劉牢之投降後，其他各軍抵擋不住，桓玄迅速攻下了建康
司馬道子、司馬元顯父子被俘後，立即被梟首示眾。
劉牢之自縊身亡
桓玄自封為太尉、大將軍，總攬朝政。他知道劉牢之英勇善戰，一旦起事後果難料，決心奪去他的兵權。
劉牢之正在溧州（今江蘇南京西南）等候佳音，沒想到桓玄任他為會稽太守，令他即刻赴任。這好比是當頭一棒，打得他苦不堪言。他驚歎道：“現在他奪去我的兵權，看來禍患就在眼前了！”
劉牢之想領兵攻打桓玄，作一拼搏，於是召來心腹商議此事。
部將劉裕道：“先前將軍有勁卒數萬，後有援兵無數，尚且投降了桓玄。現在他已奪得建康，大權在握，若怕將軍造反，決不敢如此囂張，我劉裕不敢再從將軍。”
參軍劉襲道：“將軍前反王恭，後反司馬元顯，現在又要反桓玄，
一人而三反，怎能取信於人，號令得部眾
！”
一人而三反，怎能取信於人
一句話說到了劉牢之的痛處，心腹散去後，他於百般無奈中率領幾十名隨從向西北逃去。到了新州（今湖北京山）隨從逃散。劉牢之又悔又懼，自縊身亡。
惶惶如喪家之犬
元興二年（公元403年）十二月，桓玄廢去安帝，自己登上帝位，改國號為楚。
桓玄做了皇帝，驕橫無比。他又怕臣子暗中作弊，遇事便嚴加盤查，弄得群下無法辦事，滿腹怨氣。
第二年二月，劉裕在京口起兵，討伐恆玄。他振臂一呼應者雲集，北府兵舊部紛紛歸從。
桓玄的部將吳甫之、皇甫敷領兵前來抵禦，被劉裕軍打得四下潰散，二將戰死。
劉裕領兵直逼建康，所向披靡。桓玄無法抵擋，挾持了安帝和何、王二後，乘船逃去。
劉裕領兵直逼建康
大軍進入建康，劉裕將桓玄的黨羽全部收捕，一併殺戮。又派劉毅等人領兵追捕桓玄。桓玄惶惶如喪家之犬，急急逃至尋陽。他剛想駐足休息一番，聞得追兵趕來，又匆匆登舟逃至江陵。
當時，江陵仍為桓玄的堂弟桓石康盤踞。桓玄有了安身之處，依然稱楚帝，企圖與晉廷對抗。
他怕有人不從號令，濫加殺戮以樹威，弄得大家提心吊膽，漸生二心
。
劉裕廢恭帝，東晉滅亡
劉裕不容他喘息，命何無忌等直向江陵攻去。何無忌是劉牢之的外甥，報仇心切，所率士卒多為北府兵舊部，鬥志正盛。桓玄軍哪是北府兵的對手，連連敗退。
這時殷仲文為了自保，收集了部分散卒，背叛了桓玄，護送何、王二後回建康。
桓玄走投無路，乘著夜色掩護，挾持著安帝，深一腳淺一腳地向西奔去。
冷不防暗中閃出一隊人馬，直向桓玄衝來。桓玄身邊還有心腹一百多人，慌忙接住廝殺，桓玄這才乘亂逃脫，安帝則被救出。
這一年五月，桓玄在逃亡的途中，被益州都護馮遷斬殺，安帝復位。
經過這場變化，北府兵將領劉裕樹立了威望，大權漸漸落入他的手中。
由於他鎮壓了農民起義，平定了桓玄之亂，為朝廷立下了大功，義熙七年（公元411年），他被任為太尉、中書監，總攬朝政。
以後，他為了撈取更多的政治資本，提高自己的威望，為奪取東晉政權鋪平道路，又率軍北伐，消滅了南燕、後秦等國，擴大了疆域。
與此同時，他在朝廷培植親信，剷除對手，地位日益鞏固。
義熙十四年（公元418年）十二月，他殺了晉安帝，擁立司馬德文為帝。
第二年七月，劉裕自立為宋王。
劉裕自立為宋王
公元420年，劉裕廢恭帝司馬德文，自立為帝，改國號為宋，東晉滅亡。
東晉自公元317年司馬睿稱王定都建康，至公元420年晉恭帝司馬德文被廢，歷11帝，共103年。